В далеком будущем земля была захвачена инопланетной цивилизацией. Хотя захватчики были успешно отбиты, человеческая цивилизация пала. В это время было обнаружено параллельное пространство под названием «Небеса», так что была создана глобальная оборонная организация, GDI. Хуан Эр, молодой офицер GDI, попал в санаторий из-за гепатита, но случайно встретил Вэй Сяобао, странного человека, и был взят на территорию «Небес» для выполнения «невыполнимой миссии». Вернувшись в мир людей, он стал участвовать в борьбе за власть в GDI и стал заметной фигурой в этой суматохе...